除人工清洗外，船舶还可以通过添加剂逐步清洗HSFO油舱和燃料系统中的沉淀物和沥青质污泥，这种方法相对安全且简单，可以为船舶节省很多时间成本和经济成本。由于清洗油舱所以污水含有色度，所以洗舱污水在处理时就需要用到水处理药剂-脱色剂。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。
提前预约船舶坞期，宿州油舱清洗，并应考虑船坞繁忙可能存在的压港现象；慎重安排船员自行清洗，应考虑到船员人手不足、疲劳、通风不足和安全问题。如果由船员来进行油舱清洗，机油舱清洗，则每个油舱至少需要4天，考虑到不确定因素，每个舱好计划预留一周时间。船东需要考虑使用其他的替代方法进行燃油舱和管路的清洗。目前除了进船坞清洗外，还有在营运期间清洗及使用添加剂进行清洗两种办法。
一些航运公司在更换使用燃油舱之前会使用化学添加剂进行清洗。实践证明，船舶油舱清洗，这是减少清洗油舱非常有效和经济的方式之一。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞检查和清洗，短期内安排所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。限硫令生效后，预计大多数船舶将使用含硫量低于0.50%的馏分燃料，但是目前大部分船舶一直在使用高粘度高硫燃料油。
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