超声波扫描显微镜的应用领域半导体电子行业： 半导体晶圆片、封装器件、大功率器件IGBT、红外器件、光电传感器件、SMT贴片器件、MEMS等； 材料行业：复合材料、镀膜、电镀、注塑、合金、超导材料、陶瓷、金属焊接、摩擦界面等；生物医学：细胞动态研究、骨骼、血管的研究等。 超声波扫描显微镜有两种工作模式：基于超声波脉冲反射和透射模式工作的。反射模式是主要的工作模式，精密制样，它的特点是分辨率高，对待测样品厚度的没有限制。透射模式只在半导体企业中用作器件筛选。
EMMI侦测的到亮点、热点(Hot Spot)情况；原来就会有的亮点、热点(Hot Spot)饱和区操作中的BJT或MOS(Saturated Or Active Bipolar Transistors /Saturated MOS)动态式CMOS (Dynamic CMOS)二极管顺向与逆向偏压崩溃 (Forward Biased Diodes /Reverse Biased Diodes Breakdown)侦测不到亮点情况不会出现亮点的故障奥姆或金属的短路(Ohmic Short / Metal Short)亮点被遮蔽之情况埋入式接面的漏电区(Buried Juncti)金属线底下的漏电区(Leakage Sites Under Metal)
红外光显微镜在生物学中的应用范围是有限的。当用可见光观察不透明的某些物体时，在较溉的红外光区域就会变得透明，精密制样设备，这种效应已经被用于研究在某些昆虫中发现的渗入黑色素的甲壳质层。但是，精密制样仪器，某些有机物质在2-30微米波长范围内的吸收特性实际上并没有应用到生物学物质的定性和定量的显微研究中，除了仪器和像的记录问题而外，也由于在这种波长范围内分辨力的损失已经变得十分引人注目。一个数值孔径为0.6物镜的小分辨距离大约与所使用的光线的波长是相等的，这就意味着使用一个这样孔径的反射物镜，以波长为10μm的红外光观察一个直径为10μm左右的细胞几乎是不可能的。
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