超声波扫描显微镜有两种工作模式：基于超声波脉冲反射和透射模式工作的。反射模式是主要的工作模式，它的特点是分辨率高，对待测样品厚度的没有限制。透射模式只在半导体企业中用作器件筛选。该系统的就是带压电陶瓷的微波链，压电陶瓷在射频信号发生的激励下，超声扫描显微镜，产生短的声脉冲，随后这些声脉冲被声透镜聚焦在一起，超声波扫描显微镜的这 个带压电陶瓷的部件叫换能器，英文是：Transducer。换能器既能把电信号转换成声波信号，又能把从待测样品反射或透射回来的声波信号转换成电信 号，送回系统进行处理。
红外光显微镜在生物学中的应用范围是有限的。当用可见光观察不透明的某些物体时，在较溉的红外光区域就会变得透明，这种效应已经被用于研究在某些昆虫中发现的渗入黑色素的甲壳质层。但是，某些有机物质在2-30微米波长范围内的吸收特性实际上并没有应用到生物学物质的定性和定量的显微研究中，除了仪器和像的记录问题而外，也由于在这种波长范围内分辨力的损失已经变得十分引人注目。一个数值孔径为0.6物镜的小分辨距离大约与所使用的光线的波长是相等的，这就意味着使用一个这样孔径的反射物镜，以波长为10μm的红外光观察一个直径为10μm左右的细胞几乎是不可能的。
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