除了洋葱亚细胞定位，洋葱亚细胞定位，还有许多其他亚细胞定位方法。其中，比较常见的有：
荧光法：将学方法与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。用荧光技术显示和检查细胞或组织内抗原或半抗原物质等也称为荧光细胞(或组织)化学技术。
GFP融合蛋白表达法：将目的蛋白与绿色荧光蛋白(GFP)融合，洋葱亚细胞定位培养，通过荧光显微镜观察绿色荧光蛋白的表达位置。
亚细胞结构分离定位法。
禾谷菌 CgRab5A 的亚细胞定位研究：刘涵等人利用多片段一步法将 CgRab5A 自身启动子、GFP 片段和 CgRab5A 开放阅读框（ORF）片段到 pKNT 载体上，转化型禾谷菌的原生质体后，植物亚细胞定位，通过共聚焦显微镜观察 GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子内的定位情况。结果表明，GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子细胞内均呈点状分布，定位于早期内涵体上。
水稻 OsUF 的亚细胞定位：丁作美等人通过得到水稻 E3 泛素连接酶 — 泛素融合蛋白（OsUF）基因的 cDNA 序列，并利用 Gateway 同源重组体系将 OsUF cDNA 全长重组到融合表达绿色荧光蛋白（GFP）的表达载体上，亚细胞定位，通过农杆菌介导的烟草瞬时表达系统进行亚细胞定位。结果显示，OsUF 蛋白定位在细胞核。
构建亚细胞定位载体时，GFP融合位置为什么有N端、C端之分？
若序列中存在信号肽，则构建载体时需避开这一端来融合荧光蛋白。需注意不同的融合方式可能会得到不同的定位结果，例如融合在荧光蛋白N端的目标蛋白一般无法得到过氧化物酶体的定位结果；融合在荧光蛋白C端的目标蛋白一般无法得到线粒体、质体的定位结果。
为什么不同的受体材料有时得到的定位结果不一样？
不同物种的细胞在翻译表达基因时，其表达模式和影响因子不同。受物种差异的影响，同一个载体在不同的受体材料中表达的位置可能不同，因此建议实验时尽可能选用与目的基因来源相近的受体材料进行表达。
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