微滤系统要安装在循环水养殖系统的水处理过程中。它去掉循环水中固体悬浮物对生物滤池硝化作用有很大的影响。虽然氨氮转化菌生长需要一些有机物，但鱼类排泄物和饵料残渣使水产养殖水体中有机质含量较高。有机质过多会导致有机消化菌的繁殖，并与生物膜中的氨氮转化菌竞争，从而产生空间、溶解氧和营养物质。有机消化细菌的繁殖速度快于氨氮转化菌，在养殖系统生物滤池中氨氮去掉率较低。减少养殖废水对环境的影响，节约水资源，具有很大的经济效益。
饲养水质中假如带有过多的有机化合物会引起有机化合物消化吸收菌的繁育，并与高锰酸盐指数转换菌在细胞外基质中市场竞争生长发育室内空间、溶氧及营养物。有机化合物消化吸收菌的繁殖力比高锰酸盐指数转换菌要快得多，内进水微滤机，硝化细菌（自养病菌）没办法和异养病菌市场竞争，导致硝化细菌生长发育得较慢，促使饲养系统软件微生物过滤装置高锰酸盐指数污泥负荷低。
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