在分析蛋白亚细胞定位时，需要考虑多种因素，如蛋白质的结构、序列、修饰等。不同的蛋白质在细胞内的位置可能不同，例如有些蛋白质可能定位于细胞质、细胞核、线粒体、叶绿体等不同部位。同时，慢病毒载体构建，同一个蛋白质在不同细胞类型或不同生理状态下也可能有不同的亚细胞定位。因此，在进行蛋白亚细胞定位分析时，需要考虑多种因素的综合影响。
蛋白亚细胞定位的研究成果对于了解细胞的生命活动和调控机制具有重要意义，也为疾病诊断和提供了重要的参考依据。因此，开展蛋白亚细胞定位分析和预测服务，对于生物学、医学、生物信息学等领域的发展都具有重要的意义。
除了洋葱亚细胞定位，还有许多其他亚细胞定位方法。其中，比较常见的有：
荧光法：将学方法与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。用荧光技术显示和检查细胞或组织内抗原或半抗原物质等也称为荧光细胞(或组织)化学技术。
GFP融合蛋白表达法：将目的蛋白与绿色荧光蛋白(GFP)融合，通过荧光显微镜观察绿色荧光蛋白的表达位置。
亚细胞结构分离定位法。
细胞膜及内膜系统相关的协同作用
黏着斑激酶（FAK）定位于细胞质黏着斑、细胞核和内体中。在细胞质黏着斑中，FAK 通过调控细胞黏着斑的解聚与组装及多个蛋白质的磷酸化从而调节细胞的增殖和迁移。在内体中，FAK 通过 FERM 结构域定位到内体并被。内体中整合素的信号转导时间比质膜上持续的时间更长，并且能够阻止肿1瘤细胞发生失巢凋亡，因此，内体 FAK 可通过抵抗失巢凋亡促进肿1瘤细胞的转移。而在细胞核中，FAK 可导致 p53 的多聚泛素化及降解，从而影响正常细胞的存活和肿1瘤细胞的生长。此外，核 FAK 还能够通过调节细胞的因子和趋化因子的表达促进肿1瘤免疫逃逸的发生。这表明 FAK 在不同亚细胞定位下，与不同的蛋白质协同作用，共同调控肿1瘤的发生和发展。
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