在预测阶段，研究人员会利用机器学习算法和已知的基因表达数据来训练模型，植物亚细胞定位，从而识别出可能与特定基因表达相关的启动子序列。这些预测的启动子序列将被用作进一步实验的基础。
在实验验证阶段，研究人员会将这些预测的启动子序列与报告基因（如荧光蛋白）一起插入植物的基因组中，然后观察报告基因的表达情况。如果报告基因的表达模式与预期相符，那么就可以认为这个启动子在促进特定基因的表达方面起着关键作用。
为什么有的共定位图片中叶绿体通道是玫红色？
在拟南芥、、玉米、大麦、小麦等材料中，种植培养苗子时是正常接受光照的，叶片中含有大量叶绿体，而叶绿素在640nm左右的激发光下可产生红色的自发荧光。当在这些含叶绿体较多的受体材料中做共定位实验时，共定位marker一般为红色荧光（在560nm左右的激发光下），实验及共聚焦拍摄时两个波长通道的荧光互不影响，但视野下看着比较混淆，尤其叠加后二者不易分清，因此只是在颜色显示上将叶绿体自发荧光设置为玫红色，以显示和共定位marker的区别。
为什么有的基因定位结果与预想的不一致？
对于一个特定的定位载体，只要荧光表达较好，其定位结果是确定的，不会随人为意愿或操作而改变。至于有时候和预想的结果不一样，可能和蛋白本身、选择的表达载体以及荧光蛋白融合方式等有关。
为什么有的普通定位结果出来后无法准确判断其定位位置？
细胞中的细胞器复杂且多样，除一些常见的、特征比较明显的细胞器外，有些细胞器在激光共聚焦下形状比较相似，例如：线粒体、过氧化物酶体、高尔基体等细胞器，它们的荧光表达形状可能都是点状，因此不易区分。这时可以结合基因的其他功能研究来判断其可能表达的位置。另外，蛋白表达本身也是一个复杂的过程，涉及到多个合成场所及转运过程，自身表达情况可能比较复杂，因此不易判断具体的表达位置。
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