定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞检查和清洗，短期内安排所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。如果船舶在营运过程中安排人工清洗油舱，船长应首先考虑到人员进入密闭舱室的安全问题。在2020年1月1日之前，油舱清洗周期，大部分使用HSFO的船队都不可能在很短的时间内进行干船坞检查、清洁。
残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，包括管道、沉淀柜和日用柜。船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，黄山油舱清洗，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，船舶油舱清洗，而没有进行管路冲洗，如何清洗油舱，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。
清洗过程中也可以同时检查油舱结构、加热系统以及进行压力测试等。清洗方法所用时间是基于航运实践的经验总结，并不一定适用于每一船舶。IMO也表示，船舶为满足0.50%m/m含硫量上限而备舱所需的时间和工作量难以预估。在2020年1月1日之前，大部分使用HSFO的船队都不可能在很短的时间内进行干船坞检查、清洁。
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