原位杂交技术可以应用于以下场景：
组织中病毒DNA/RNA的检测和定位。例如，可以用于检测EB病毒mRNA、人类状瘤病毒和巨细胞病毒DNA等。
癌基因、抑癌基因及其他各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测。
检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等。
在植物基因组研究中的应用。例如，通过与特定基因序列的探针进行杂交，可以在植物染色体上定位到目标基因的位置，进而构建遗传图谱，为植物育种和基因组研究提供基础数据。
原位杂交：
原位杂交是指用特定探针定位、检测DNA、RNA的一种有效的实验方法，通过把特点序列客隆到特殊载体上，原位杂交检测，通过转录酶反转一条天然的RNA探针，将探针和切片样品进行杂交，通过一系列显色方法，来确定RNA或者DNA表达区域；本中心原位杂交探针采用的是第高辛和生物素标记，灵敏度和同位素相当。 我们采用roche标记及显色试剂盒，GISH/ISH/FISH按照探针进行收费，每个试剂盒每条探针可以杂交60-80张玻片，收费为1万5千元，武汉原位杂交，GISH杂交因需要加抗淬灭剂每条探针收费为1万9千元。量大优惠！
原位杂交技术方法大致可分为：1.杂交前准备，包括固定、取材、玻片和组织的处理，如何增强核酸探针的穿透性、减低背景染色等；2.杂交；3.杂交后处理；4.显示（visualization）：包括性自显影和非性标记的显色。固定原位杂交组织化学技术在固定剂的应用和选择上应兼顾到三个方面：保持细胞结构，限度地保持细胞内DNA或RNA的水平；使探针易于进入细胞或组织。DNA是比较稳定的，染色体荧光原位杂交，mRNA是相对稳定的但易为酶合成和降解。RNA却绝然不同，荧光原位杂交，非常容易被降解。因此，对于DNA的定位来说，固定剂的种类和浓度并不十分重要。相反，在RNA的定位上，如果要使RNA的降解减少到低限度，那么，不仅固定剂的种类浓度和固定的时间十分重要，而且取材后应尽快予以冷冻或固定。
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