标志性分子检测是外泌体鉴定的，ISEV推荐检测的阳性标志物包括跨膜蛋白CD63、CD9、CD81，溶质蛋白TSG101、Alix等，同时需检测Calnexin等阴性标志物，排除杂质干扰。常用检测方法包括Western Blot（WB）与流式细胞术：WB通过电泳分离、转膜、孵育等步骤，检测特定蛋白条带，可验证标志物的存在，但操作繁琐、灵敏度较低；流式细胞术借助荧光标记与外泌体表面抗原结合，可快速、定量检测表面标志物表达，外泌体检测服务，确定外泌体纯度与数量，但对样本纯度要求较高，易出现假阳性结果。
TEM技术的优势主要体现在以下几个方面：一是分辨率高，能够清晰呈现外泌体的脂质双层膜、内部结构及表面细节，可准确鉴定外泌体的形态和结构完整性，是外泌体形态学鉴定的“金标准”；二是操作相对成熟，实验流程较为规范，广泛应用于各类外泌体研究中；三是能够同时观察多个外泌体，便于统计外泌体的形态分布和尺寸特征，为外泌体的异质性研究提供支持；四是可结合染色技术，增强样品对比度，提高成像质量，便于观察外泌体的细微结构。
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