农杆菌侵染条件优化菌液OD值、侵染时间、共培养温度直接决定转化效率。菌液浓度过高、侵染过久会导致愈伤菌害褐化；浓度过低则侵染不完全、阳性率极低。标准体系下OD600取值0.6–0.8，侵染10–20分钟，25℃避光共培养为优条件。
组培体系细节调控愈伤诱导阶段依靠2，4-D维持胚性状态；分化阶段调整细胞分裂素与生长素配比，促进芽苗分化；筛选剂浓度需提前预实验确定，浓度过高阳性愈伤，过低会出现假阳性植株；同时需严格控制无菌环境，杂菌与真菌污染。
根癌农杆菌Ti质粒上的T-DNA片段可在Vir毒蛋白下，自主切割、转移并整合至植物基因组。科研中已去除Ti质粒的致瘤基因，改造为安全的二元载体、超二元载体或三元载体系统，将目的基因插入T-DNA区域，借助农杆菌侵染实现外源基因的定向递送与整合。常用农杆菌菌株包括EHA105、AGL-1、LBA4404等，适配玉米幼胚侵染体系。
主要以玉米未成熟合子胚（IZEs）为受体，该材料分裂能力强、再生；近年也开发出成熟种子胚外植体转化体系，可规避幼胚取材受生育期限制的问题，实现周年转化。
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