传统T2T组合策略(PacBio HiFi+ONT超长)
过去，二代高通量测序检测机构，高质量T2T基因组组装多依赖于PacBio HiFi与ONT超长数据的结合。两者优势互补，既保证了组装准确性又跨越了复杂重复区域。然而，该方案需要多平台测序，流程较复杂目所需样本量较高，二代高通量测序技术，已逐渐被更的策略取代。
ONT
Only-T2T策略
得益于ONT测序技术的持续进步，ONT测序数据在准确率方面实现了显著提升，二代高通量测序检测，现已能够单独完成端粒到端粒的完整基因组组装。这一方案简化了实验流程、降低了测序成本，并在解析高复杂度基因组时表现出的连续性和完整性，正成为T2T基因组组装的主流趋势。
推荐方案：ONT only T2T
1. SMAC-seq，SMAC-seq（single-molecule long-read accessible chromatin mapping
sequencing）：单分子长片段染色质可及性测序，通过长读长纳米孔测序结合转移酶标记开放染色质，在单分子水平直接读取外源修饰标记的可及性信号。
1. pore-c三维组学，Pore-C是结合染色质构象捕获(3C)和三代ONT长读长测序，检测物种基因组多位点交互作用及关联化修饰的一种新技术。流程更简单，无需生物素标记，无需PCR扩增，可检测复杂的GC富集区域及重复基因组区域，同时保留表观修饰信息，为深入分析三维基因组空间结构特征及染色质多重互作等研究提供条件。
1. 病毒基因组测序，采用二代高通量和三代ONT测序技术，结合多种生信软件，组装完成；后续可在结构基因组、比较基因组层面通过差异分析、同源基因分析、共线性分析、物种进化分析等解析病毒的毒力系统、进化演变等。
2. Pore-C基因组挂载，Pore-C是一个结合染色质构象捕获 (3C)和ONT三代测序，检测物种基因组多位点交互作用及关联化修饰的一种新技术。流程简单，无需生物素标记，无需PCR扩增，二代高通量测序，可检测复杂的GC富集区域及重复基因组区域，同时保留表观修饰信息。因此，为深入分析三维基因组空间结构、染色质多重互作及表观修饰等研究提供条件。
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