标志性分子检测是外泌体鉴定的，ISEV推荐检测的阳性标志物包括跨膜蛋白CD63、CD9、CD81，溶质蛋白TSG101、Alix等，同时需检测Calnexin等阴性标志物，排除杂质干扰。常用检测方法包括Western Blot（WB）与流式细胞术：WB通过电泳分离、转膜、孵育等步骤，检测特定蛋白条带，可验证标志物的存在，但操作繁琐、灵敏度较低；流式细胞术借助荧光标记与外泌体表面抗原结合，可快速、定量检测表面标志物表达，确定外泌体纯度与数量，但对样本纯度要求较高，外泌体检测服务，易出现假阳性结果。
与传统TEM相比，Cryo-TEM无需进行固定、脱水、染色等处理，样品直接在冷冻状态下进行观察，能够地保留外泌体的天然形态和结构，反映外泌体在体内的真实状态。此外，Cryo-TEM还可以结合电子断层扫描技术，实现外泌体三维结构的重构，进一步深入了解外泌体的空间形态和内部成分分布，为外泌体的结构与功能研究提供更强大的技术支撑——冷冻电子断层扫描（Cryo-ET）结合了冷冻固定技术和电子断层扫描技术，能够在接近天然状态下重构外泌体的3D结构，分辨率可达1~2 nm，是研究外泌体空间结构的重要工具。
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