1. 多组学研究，由于可变剪切（人类90%的基因表达的RNA存在可变剪切）的存在，一个基因往往对应多个转录本（lsoform），因此对转录本的定量非常有必要。传统的转录组只能对基因进行表达定量〈基于转录本进行GO、KEGG等分析），lsoform定量全长转录组可以实现转录本的定量，对基因的每一个Isoform进行功能注释，基于lsoform定量全长转录组的多组学关联分析还原真实的系统生物学过程。
BSA性状定位，针对目标性状，选取表型差异的亲本构建家系，并采用混池分组分析法(Bulk Segregant Analysis，BSA)进行性状定位。通过对表型子代分别构建的两个样本池及亲本进行测序，检测与目标性状相关的遗传变异，并进行功能注释，从而解析控制该性状的关键基因及其调控机制。
GWAS，基于全基因组重测序技术，通过对自然群体或种质资源中的个体进行基因组测序，并结合目标性状的表型数据，利用统计模型分析基因型与表型之间的关联，挖掘控制目标性状的关键基因或染色体区段。GWAS无需构建特定的群体，能够解析复杂性状的遗传基础，特别适用于多基因控制性状的研究。该方法因其“遗传背景丰富、变异检测、适用性广泛”的优势，已广泛应用于作物改良、动物育种及人类疾病研究。
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