侵染与共培养农杆菌菌液调至OD600=0.6–0.8，愈伤浸泡侵染10–20 min，轻微震荡；侵染后捞出愈伤，无菌滤纸吸干表面所有菌液（积水是褐化、菌污染主要原因）。平铺于共培养基，25℃暗培养2–3天，以愈伤表面微微出现薄层菌膜为状态。
抗性筛选与继代共培养结束后，无菌水洗去表面农杆菌，可低浓度水洗一次，吸干水分后接种筛选培养基。首轮筛选14天后，剔除褐化、愈伤，将新生嫩黄抗性愈伤切下继代。连续2–3轮筛选，去除假阳性与残留农杆菌，获得纯净阳性愈伤群体。
种子消毒与接种选取饱满、无霉变、无破损的水稻成熟种子，人工脱壳去除颖壳。无菌超净台内操作：75%乙醇浸泡30 s，转录组测序，无菌水冲洗；再用2%次浸泡15–20 min，期间不断摇晃；无菌水冲洗3–5次，残留消毒液。吸干种子表面水分，均匀接种于诱导培养基。注意：消毒不极易大面积污染；消毒过度会灼伤种胚，导致无法诱导愈伤。
胚性愈伤挑选（重中之重）培养2周后开始观察，挑选色泽淡黄、颗粒致密、干燥饱满、不水渍、不褐化的胚性愈伤。舍弃松软发白、透明水渍、发黑褐化、长根长芽的非胚性愈伤。愈伤是转化成功的，劣质愈伤侵染后几乎全部或无法分化。
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