在清洁车间食品工厂的选址、设计、布局、建设和改造中，应尽量避免污染源、交叉污染、混搭和差错。工厂环境干净整洁，人和物流合理。采取适当的门禁措施，防止未经授权的人员进入。保存施工和竣工数据生产过程中空气污染严重的建筑物，应建在厂区的下风侧，全年风向多。相互影响的生产工艺不宜设置在同一建筑内时，应在各生产区域之间采取有效的隔离措施。发酵产物的生产应设有专门的发酵车间。
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