






Smart 细菌完成图是指先用高准确度的二代数据(
Illumina或BGI-seq)对基因组进行组装,组装过程中使用Nanopore长序列对有分支的点进行覆盖,二代基因测序,连接成完成图,后再用二代数据进行纠错。该策略可以快速得到高质量的细菌基因组完成图,错误率降低到0.001%水平。
一、Smart细菌完成图的优势
1. 更快捷:测序完成后一周内完成全部分析内容。
2. 更经济:用更少的经费获得更多成果。
3. :二代数据决定准确度,错误率低至0.001%;较使用三代数据直接组装后纠错错误率降低一个数量级。

Subgenome(亚基因组)比较分析
亚基因组 (subgenome):异源多倍体特有概念,多倍体由 2 个或多个不同二倍体祖先物种杂交加倍形成,每套来自祖先的染色体组就叫一个亚基因组(例如油菜 AACC:A 亚基因组、C 亚基因组;小麦 AABBDD:A/B/D 亚基因组)。 Subgenome 比较分析:把组装好的染色体水平基因组,先拆分归属于不同祖先亚基因组,再对多个亚基因组之间开展多维度比较,解析多倍化之后的结构变异、基因保留、表达分化、转座子、化、亚基因组显性等进化特征。
??同源多倍体没有真正意义的不同 subgenome,一般不做该分析。
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