扫描电子显微镜是一种多功能的仪器，具有很多的性能，是用途为广泛的一种仪器，它可以进行如下基本分析：
(1)三维形貌的观察和分析；
(2)在观察形貌的同时，进行微区的成分分析。
①观察纳米材料。所谓纳米材料就是指组成材料的颗粒或微晶尺寸在0.1～100 nm范围内，在保持表面洁净的条件下加压成型而得到的固体材料。纳米材料具有许多与晶态、非晶态不同的、的物理化学性质。纳米材料有着广阔的发展前景，将成为未来材料研究的重点方向。扫描电子显微镜的一个重要特点就是具有很高的分辨率，现已广泛用于观察纳米材料。
由于电子的德布罗意波长非常短，透射电子显微镜的分辨率比光学显微镜高的很多，可以达到0.1～0.2nm，放大倍数为几万～百万倍。因此，使用透射电子显微镜可以用于观察样品的精细结构，甚至可以用于观察仅仅一列原子的结构，比光学显微镜所能够观察到的的结构小数万倍。TEM在中和物理学和生物学相关的许多科学领域都是重要的分析方法，如研究、病毒学、材料科学、以及纳米技术、半导体研究等等。
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