细菌基因组中如何预测核糖体rDNA基因？
预测细菌基因组中的核糖体rDNA基因，通常有两种方法：一是通过rDNA序列结构特征进行de novo 预测，二是利用近缘rDNA序列进行同源预测。其中前者预测，但是需要组装结果中具备完整的rDNA结构。在框架图和部分精细图组装结果中，可能有rDNA区域组装不完整，分布于多条scaffold中的情况，会导致de novo 测序方法rDNA预测不到的情况。如果想要获得更完整的预测结果，可以预先提供近缘rDNA序列，使用同源预测方法，以改善预测效果。
ASM-QTLS在性状和疾病中的富集
ASM-QTLS在血液学性状相关的序列变异中显著富集(40.2倍)，并与多种疾病相关变异存在强连锁不平衡。例如，三代基因测序，与2型相关的rs34329895与PLEKHM5基因启动子化的ASM-QTL rs35735821存在强连锁不平衡。
结论
本研究揭示了ASM-QTLs是CpG化与基因表达相关性的主要驱动因素。ASM-QTLs通过影响转录因子结合或直接调控CpG化，进而影响基因表达，并在人类表型多样性和疾病风险中发挥关键作用，特别是在血液学性状和疾病相关序列变异中高度富集。研究结果为理解基因调控机制和疾病发生提供了新的视角，并为未来的疾病研究和提供了潜在靶点。
Smart 细菌完成图是指先用高准确度的二代数据（
Illumina或BGI-seq）对基因组进行组装，组装过程中使用Nanopore长序列对有分支的点进行覆盖，连接成完成图，后再用二代数据进行纠错。该策略可以快速得到高质量的细菌基因组完成图，错误率降低到0.001%水平。
一、Smart细菌完成图的优势
1. 更快捷：测序完成后一周内完成全部分析内容。
2. 更经济：用更少的经费获得更多成果。
3. ：二代数据决定准确度，错误率低至0.001%；较使用三代数据直接组装后纠错错误率降低一个数量级。
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