要获得一张清晰的电镜照片，必须要能够做好基本的电镜操作、以及针对各种样品做出工作条件的优化。
基本操作包括熟练的调节对焦和消像散。对焦相对容易，改变焦距，直至图像清楚的时刻即为合焦。在偏离焦距较多的时候可以用较高的灵敏度，在合焦点附近调低灵敏度，以便进行对焦。
基本操作中消像散相对来说比较麻烦，特别是像散很大时，对于很多初学者来说调节比较困难。不过前面已经介绍了像散的产生，电子束由于不再是圆形，所以在像散未消除的情况下，图像是不清晰的。不过其中有两个特殊的位置，即光学中的子午和弧矢，叶绿体电镜检测技术服务，在这两个位置上束斑完全成正交的直线。而明晰圆一般在弧矢和子午的中间。
由电子发射的电子束可达30keV，经会聚透镜、物镜缩小和聚焦，在样品表面形成一个具有一定能量、强度、斑点直径的电子束。在扫描线圈的磁场作用下，入射电子束在样品表面上按照一定的空间和时间顺序做光栅式逐点扫描。由于入射电子与样品之间的相互作用，将从样品中激发出二次电子。由于二次电子收集极的作用，可将各个方向发射的二级电子汇集起来，再将加速极加速射到闪烁体上，转变成光信号，经过光导管到达光电倍增管，使光信号再转变成电信号。这个电信号又经视频放大器放大并将其输送至显像管的栅极，调制显像管的亮度。因而，再荧光屏上呈现一幅亮暗程度不同的、反映样品表面形貌的二次电子象。
还有一种新型的电子场发射式电子qiang，由1个阴极和2个阳极构成，阳极上施加一稍低（相对第2阳极）的吸附电压，用以将阴极上面的自由电子吸引出来，而第2阳极上面的极高电压，将自由电子加速到很高的速度发射出电子束流。这需要超高电压和超高真空为工作条件，它工作时要求真空度达到10-7Pa，热损耗，使用寿命可达2000 h；电子束斑的光点更为尖细，直径可达到10nm以下，较钨丝阴极（大于10nm）缩小了3个数量级；由于发光，它发出光斑的亮度能达到10 A/cm·s，较钨丝阴极（106 A/cm·s ）也提高了3个数量级。场发射式电子因技术、造价昂贵，只应用于高分辨电镜当中。
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