






1. 单倍型T2T基因组组装,主要针对高杂合二倍体及多倍体植物开发新的解决方案,主要采用二代高通量和三代ONT结合单独开发的生信系统进行组装。主要应用于指导下游分子育种、subgenome比较分析、多倍体起源与进化。
2. 泛基因组研究,利用二代高通量、三代ONT测序和生物信息学分析,对不同但又相互关联的个体材料进行较高深度测序和组装,构建泛基因组图谱,该物种完整的遗传信息。为研究物种遗传多样性、作物改良、物种进化及生态适应提供研究基础。
Pore-C有助于准确进行单倍型分型,纠正可能由重复序列引起的挂载错误
实测结果显示:左图为多倍体HIC(100X)挂载结果,从挂载结果中很难看出挂载异常;当使用Pore-c(20X)去验证这一结果时,我们发现HIC的多倍体的同源染色体挂载存在易位的错误(中间图,蓝色箭头,黄色方框区域);使用Pore-c(20X)挂载基因组,并调整错误区域,互作热图呈现较好的互作关系(右图)。
Pore-C挂载时间短,有效缩短项目周期
实测显示:由于pore-c挂载使用数据量较少,Pore-c基因组挂载时间可以缩短到HIC挂载基因组时间的一半,有效缩短基因组项目周期。
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